من بين المواد الكيميائية الشائعة المستخدمة في تعقيم الخزانات: الكلور، هيبوكلوريت الكالسيوم، وبيروكسيد الهيدروجين. هذه المواد تُستخدم بتركيزات منخفضة ومحددة لضمان السلامة وعدم الإضرار بصحة الإنسان. الكلور هو الأكثر شيوعًا لأنه فعال في قتل البكتيريا والفيروسات، ويمكن تنظيف خزانات شراؤه بسهولة في محلات بيع مواد تنظيف المسبح. هيبوكلوريت الكالسيوم يُستخدم في بعض العمليات الصناعية ويوفر تعقيمًا أسرع. أما بيروكسيد الهيدروجين، فهو خيار طبيعي ولا يترك بقايا ضارة، مما يجعله تنظيف خزانات مناسبًا للأماكن التي تركز على السلامة البيئية. من الأفضل دائمًا اتباع التعليمات المكتوبة على العبوة عند استخدام هذه المواد. كما يجب ارتداء قفازات ونظارات واقية أثناء التعامل معها لتجنب التعرض المباشر.